住宅に関する登記の際の登録免許税に関しては、以下の租税特別措置法の規定に該当する場合は、軽減されています。
いずれも適用期限が平成２８年３月３１日までとなっておりますが、第１９０回国会で所得税法等の一部を改正する法律案が成立し、平成３０年３月３１日まで延長されました。
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租税特別措置法
（特定認定長期優良住宅の所有権の保存登記等の税率の軽減）
第七十四条 個人が、長期優良住宅の普及の促進に関する法律 の施行の日から平成二十八年三月三十一日までの間（次項において「特定期間」という。）に同法第十条第二号 に規定する認定長期優良住宅で住宅用家屋に該当するもの（以下この条において「特定認定長期優良住宅」という。）の新築をし、又は建築後使用されたことのない特定認定長期優良住宅の取得をし、当該個人の居住の用に供した場合には、当該特定認定長期優良住宅の所有権の保存の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該特定認定長期優良住宅の新築又は取得後一年以内に登記を受けるものに限り、第七十二条の二及び登録免許税法第九条 の規定にかかわらず、千分の一とする。
２ 個人が、特定期間内に建築後使用されたことのない特定認定長期優良住宅の取得をし、当該個人の居住の用に供した場合には、当該特定認定長期優良住宅の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該特定認定長期優良住宅の取得後一年以内に登記を受けるものに限り、前条及び登録免許税法第九条 の規定にかかわらず、千分の一（一戸建ての特定認定長期優良住宅にあつては、千分の二）とする。
（認定低炭素住宅の所有権の保存登記等の税率の軽減）
第七十四条の二 個人が、都市の低炭素化の促進に関する法律 の施行の日から平成二十八年三月三十一日までの間（次項において「特定期間」という。）に同法第二条第三項 に規定する低炭素建築物（同法第十六条 の規定により当該低炭素建築物とみなされた同法第九条第一項 に規定する特定建築物のうち政令で定めるものを含む。）で住宅用家屋に該当するもの（以下この条において「認定低炭素住宅」という。）の新築をし、又は建築後使用されたことのない認定低炭素住宅の取得をし、当該個人の居住の用に供した場合には、当該認定低炭素住宅の所有権の保存の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該認定低炭素住宅の新築又は取得後一年以内に登記を受けるものに限り、第七十二条の二及び登録免許税法第九条 の規定にかかわらず、千分の一とする。
２ 個人が、特定期間内に建築後使用されたことのない認定低炭素住宅の取得をし、当該個人の居住の用に供した場合には、当該認定低炭素住宅の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該認定低炭素住宅の取得後一年以内に登記を受けるものに限り、第七十三条及び登録免許税法第九条 の規定にかかわらず、千分の一とする。
（特定の増改築等がされた住宅用家屋の所有権の移転登記の税率の軽減）
第七十四条の三 個人が、平成二十六年四月一日から平成二十八年三月三十一日までの間に宅地建物取引業法第二条第三号 に規定する宅地建物取引業者が増改築等をした建築後使用されたことのある住宅用家屋で政令で定めるものを当該宅地建物取引業者から取得をし、当該個人の居住の用に供した場合には、当該住宅用家屋の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところにより当該住宅用家屋の取得後一年以内に登記を受けるものに限り、第七十三条及び登録免許税法第九条 の規定にかかわらず、千分の一とする。
２ 前項に規定する増改築等とは、同項に規定する宅地建物取引業者が同項に規定する住宅用家屋（同項の取得前二年以内に当該宅地建物取引業者が取得をしたものに限る。）につき行う増築、改築その他の政令で定める工事（当該工事と併せて行う当該住宅用家屋と一体となつて効用を果たす設備の取替え又は取付けに係る工事を含む。）であつて、当該工事に要した費用の総額が当該住宅用家屋の同項の個人に対する譲渡の対価の額の百分の二十に相当する金額（当該金額が三百万円を超える場合には、三百万円）以上であることその他の政令で定める要件を満たすものをいう。
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追記
ちなみに７２条の２、７３条の適用期限は平成２９年３月３１日ですので、対象外となります。
（住宅用家屋の所有権の保存登記の税率の軽減）
